La apendicectomía se lleva a cabo mientras el paciente se encuentra bajo anestesia general. Si se ha formado una cavidad infectada (absceso), o si el apéndice ha sufrido una ruptura (perforación), se hará un lavado completo durante la cirugía. Luego, el cirujano deja la herida abierta de manera que ésta cierre por sí sola (segunda intención) y así la infección pueda drenar. En algunos casos, se coloca un tubo de drenaje.

En algunos casos excepcionales, la apendicectomía se realiza utilizando un laparoscopio. Generalmente, esto se lleva a cabo en las mujeres cuando la causa del dolor abdominal es incierta.